Hendry đã thi đấu 51 trận quốc tế cho đội tuyển Scotland mặc dù thực tế là ông chỉ là người xuất hiện muộn ở đấu trường quốc tế, không ra mắt cho đến khi ông 27 tuổi. Ông là đội trưởng của Scotland tại World Cup 1998. Lần xuất hiện cuối cùng cho đội tuyển Scotland của ông, vào ngày 28 tháng 3 năm 2001, chứng kiến ​​Hendry ghi hai bàn trong chiến thắng 4–0 trước San Marino.[6] Sự nghiệp quốc tế của ông đã kết thúc khi ông sau đó bị cấm thi đấu sáu trận vì thúc cùi chỏ vào cầu thủ dự bị của San Marino Nicola Albani xuất hiện trong trận đấu đó.[6]